股票期貨因為採保證金交易，故也有保證金不足的追繳情形。當權益總值低於維持保證金即發出追繳，如未能於時限前補足到原始保證金，則期貨商有權力以市價進行反向了結部位。
交易成本的優勢
相較於現貨的交易成本而言，股票期貨相對要具有更高的優勢。現貨的交易手續費為千分之1.425，即便是網路下單往往仍需要千分之0.8以上的交易成本，如若換算金額的話，等於每100萬需要800元以上的手續費。
但是股票期貨的手續費是以「口」來計算，每一口只需要收小型台指期貨的手續費，相對於現貨的手續費而言可謂極為低廉，可為投資人節省不少交易成本。
此外，現貨於賣出時另須收取千分之3的證券交易稅，如果以100萬計算，等於要多繳3000元的稅金。但股票期貨屬於期貨，適用期交稅，僅需契約金額的十萬分之2，假設同樣是100萬的契約金額，僅需20元的期交所。兩相比較之下，股票期貨在交易成本上，實具有較現貨很大的優勢。尤其對於短線交易者而言，更是不可或缺的工具。
表二 股票期貨的成本計算範例
多空雙向靈活的優勢
現貨在放空上有諸多限制，目前僅台灣50、中型100及富櫃50成分股可進行平盤以下放空，即便上述股票，如果前一日收盤跌停，次一交易日也無法進行盤下放空交易，導致在操作上有許多不便。
尤其一年兩次的強制回補，也是對於放空交易策略的不友善。另外，即便沒有上述的問題，在實務上我們還常常會遇到想空但是卻無券可空的狀況。究其原因，是因為券由資生，如果一檔股票的融資餘額較低，那往往就會出現券源不足的現象。在以上這麼多的限制下，要進行放空交易實有難度，但是股票期貨就沒有這些問題。
股票期貨是期貨商品，多空平等也沒有強制回補的問題，如果遇到結算可以轉換到下個月的合約一樣可進行交易。且只要有相對方，就可以進行交易，也不需要擔心會有券源不足甚至是轉融券還要多出一筆費用的困擾。在放空交易上具有很明顯的優勢。
股票期貨的流動性風險
相較於指數型期貨，股票期貨的波動度顯得更為活潑，尤其是部分中小型股，出現漲跌停的機率遠比指數型期貨來的高，雖然因此具有更大的操作空間，但操作上需留意流動性風險。避免在發生漲跌停的時候，無成交量的狀況。
而部份股票期貨的掛單量以及成交量相對現股來的低，所以在操作時須留意持有的部位不宜過高，以免發生想平倉卻因缺乏流動性無法平倉，又或者平倉於較差的價格導致的額外虧損。
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